Hugo Blotius wurde 1534 in Delft geboren. Er studierte in Löwen und Orléans und wurde zum Doktor beider Rechte promoviert. Anfang der 1570 Jahre arbeitete er als Lehrer und Erzieher für mehrere hochstehende Persönlichkeiten im Umkreis des Hofs. Ende 1574 ließ er sich schließlich in Wien nieder, wohl in der Absicht, eine Stellung am Kaiserhof als Bibliothekar, zu erlangen. Aufgrund einflussreicher Fürsprecher wurde er schließlich am 15. Juni 1575 tatsächlich zum Leiter der Bibliothek ernannt. Seine erste Aufgabe war es, zusammen mit Gehilfen die Bücher zu überprüfen und einen Katalog in zweifacher Ausführung herzustellen: ein Exemplar für den Kaiser, eines für die Bibliothek, die damals im Minoritenkonvent untergebracht war.
Über Blotius‘ Vorstellungen zur Bibliotheksführung sind wir durch ein Dokument aus dem Jahr 1579 unterrichtet. In diesem Consilium behandelt er die möglichst kostengünstige Erwerbung neuer Bestände ebenso wie die Problematik des Buchabgangs durch Entlehnungen und schließlich die Rolle des Bibliothekars. Seine Vorstellungen zur Katalogisierung von Handschriften legte er an anderer Stelle ebenfalls im Detail dar.
Eine zu geringe Dotierung der Bibliothek, zu wenig Platz und zu wenige Mitarbeiter verhinderte jedoch die Umsetzung vieler seiner Pläne. Bei Blotius Tod 1608 war die Bibliothek, die er mit über 7300 Bänden übernommen hatte, zwar bereits stark angewachsen (geschätzt werden 11.000 Bände), aber weder vollständig katalogisiert noch in geeigneten Räumen untergebracht.
Die Österreichische Nationalbibliothek bewahrt heute zahlreiche Unterlagen aus dem Besitz Hugo Blotius auf, die einen Einblick in seine Arbeit als Bibliothekar ebenso geben, wie auf die intellektuellen Netzwerke seiner Zeit.