Der handschriftliche Katalog der Bibliotheca Eugeniana befindet sich heute in der Sammlung von Handschriften und alten Drucken der Österreichischen Nationalbibliothek in zweifacher Ausführung. Er ist in zwei Signaturengruppen zu finden, Cod. 14376–14380 und Cod. 13963–13966*. Für die digitale Edition im Projekt Bibliotheca Eugeniana Digital wurden die ersten drei thematischen Bände der Signaturengruppe mit den Anfangsziffern 143 erschlossen. Auf der Seite Projektinformation finden sich weitere Informationen zu den übrigen Katalogbänden.
Die zwei übrigen Bände Cod. 14379 (alphabetischer Index nach Autorennamen) und Cod. 14380 (alphabetischer Index nach Buchtiteln) wurden nicht im Rahmen der Edition erschlossen, da sie zum einen eine inhaltliche Doppelung der Einträge in den ersten drei Bänden darstellen und zum anderen deutlich schwerer zu erschließen sind durch die vielfache Verwendung von Abkürzungen und Auslassungen bei der Beschreibung der Werke. Sie sind jedoch an der ÖNB digitalisiert worden und können über das Katalogssystem eingesehen werden. In einer weiteren Ausbaustufe der Edition sollen diese Bände ebenso erschlossen werden und ihre Werke mit dem Katalogssystem der ÖNB verbunden werden.
Die Signaturengruppe Cod. 13963–13966* ist die zweite Ausführung des handschriftlichen Katalogs der Bibliotheca Eugeniana. Während der Projektlaufzeit wurde dieser ebenfalls digitalisiert und kann über die folgenden Links eingesehen werden.